O PROBIO II é coordenado pelo MMA, por meio da Secretaria de Biodiversidade e Florestas - SBF, que também é responsável pela execução e avaliação técnica dos componentes do projeto. Caberá, exclusivamente, ao MMA servir como secretaria executiva do Comitê de Coordenação do Projeto.
Em parceria com o FUNBIO, o MMA deverá:
- Coordenar e promover sinergias entre os beneficiários do projeto;
- Monitorar a implementação de todas as ações e atividades do projeto;
- Coordenar o fornecimento de recursos de doação aos executores das atividades do projeto;
- Realizar o monitoramento técnico, administrativo e financeiro adequado;
- Apresentar relatórios periodicamente ao Banco Mundial e outras instituições.
Já o Comitê de Coordenação do Projeto tem a função de unidade deliberativa e consultiva, com a responsabilidade de supervisão geral e acompanhamento da implementação das ações do projeto. O núcleo deverá realizar reuniões pelo menos bianuais, sendo presidida pelo MMA e composta por representantes de todos os parceiros estratégicos do projeto (Caixa, MAPA, MS, MCT, EMBRAPA, FIOCRUZ, FUNBIO, ICMBIO, JBRJ e BIREME), bem como de outras instituições que poderão ser convidadas para esta finalidade.
A Caixa é responsável pela execução financeira dos componentes de Transversalidade da Biodiversidade em Setores Econômicos e Governamentais selecionados, Fortalecimento Institucional e Geração de Informação sobre Biodiversidade para Formulação de Políticas, e Coordenação e Gerenciamento.
O FUNBIO é responsável pela execução física e financeira do componente Transversalidade da Biodiversidade no Setor Privado, e um Comitê Coordenador do Projeto, formado por representantes dos parceiros do projeto e presidido pelo MMA, tem a responsabilidade da supervisão geral do projeto.
Executores são as entidades públicas ou privadas responsáveis pela execução técnico-financeira de subprojetos selecionados pelo Comitê de Coordenação do Projeto em conformidade com os critérios detalhados no Manual Operativo do PROBIO II , sob a supervisão do parceiro estratégico responsável por sua seleção.