A Caixa dispõe de duas agências-barco disponíveis para atendimento de populações ribeirinhas da Amazônia. As embarcações prestam suporte à necessidade de atendimento bancário causada pelas dificuldades de acesso às regiões e diminuem os gastos de deslocamento da população até os centros urbanos.
Dessa maneira, além de ações de promoção à saúde, à educação, à proteção ambiental e à cidadania, a Caixa fomenta a inclusão bancária dos moradores e o desenvolvimento socioeconômico da região, reforçando o papel de empresa socialmente responsável.
Os barcos fazem uma viagem por mês, partindo de seus locais de origem. Possuem os mesmos serviços de uma agência convencional em terra, exceto os de movimentação de numerário em espécie, além do mesmo horário de funcionamento.